Das IFF ist auf eine Initiative von Wissenschaftlerinnen und Studentinnen vor allem aus den Fachbereichen Pädagogik, Soziologie, Literaturwissenschaft und Geschichte hin entstanden. Durch verschiedene Veranstaltungen, Hearings und Aktionen wurde 1980 die Einrichtung einer Geschäftsstelle Frauenforschung aus den Mitteln des Ministerium für Wissenschaft und Forschung NRW sowie des Rektorats erreicht. Ihre Aufgabe bestand in der Vorbereitung eines 'Universitätsschwerpunktes Frauenforschung'.
1982 wurde aus der Geschäftsstelle dann die Interdisziplinäre Forschungsgruppe Frauenforschung (IFF), die zunächst auf vier Jahre eingerichtet wurde. Nach dieser ersten Erprobungsphase wurde vom Senat der Universität Bielefeld 1987 die dauerhafte Verankerung der IFF beschlossen. Zur IFF gehörten bis 1989 die Geschäftsstelle, die mit einer Geschäftsführerin und einer Sekretärin besetzt war, sowie eine wissenschaftliche Mitarbeiterinnenstelle, die als zwei halbe Forschungsstellen ausgeschrieben wurde.
1990 feierte die IFF ihr zehnjähriges Bestehen. Im gleichen Jahr wurde die IFF vor dem Hintergrund des neuen WissHG erneut begutachtet. Die funktionierende Arbeitsform der IFF mit der Mitarbeiterinnen-AG als zentralem beschlußfassenden Gremium mußte aufgrund der veränderten Bestimmungen dem Modell zentraler wissenschaftlicher Einrichtungen angepaßt werden.
1992 entfachte darüber erneut eine Diskussion über den weiteren Bestand der IFF: nach den Vorstellungen mancher sollte die Frauenforschung in die einzelnen Fakultäten zurückverlagert und die IFF zu einer Koordinationsstelle für Frauenaktivitäten und Forschung umstrukturiert werden. Auf dem Hintergrund massiver Unterstützung von 1400 Unterschriften und Solidaritätschreiben aus dem In- und Ausland bestätigte der Senat der Universität Bielefeld im Juli 1992 die IFF als eigenständige Forschungseinrichtung.
Die Interdisziplinäre Forschungsgruppe Frauenforschung wurde nun zum Interdisziplinären Frauenforschungs-Zentrum.Seit 2004 heisst das IFF Interdisziplinäres Zentrum für Frauen- und Geschlechterforschung. Als zentrale wissenschaftliche Einrichtung unterliegt das IFF einer regelmäßig stattfindenden Evaluation durch den Senat der Universität.