PD Dr. Thomas Schmitt-John




 

Main Research Interests

Genetics and the molecular biology
Mouse Genomics

Curriculum Vitae

Thomas Schmitt-John

1981-1987 Studies of Biology at the Johann-Wolfgang Goethe University, Frankfurt am Main
1987–1991 PhD-thesis at the Institute for Organic Chemistry (J. Engels), Johann-Wolfgang Goethe University, Frankfurt am Main
1991-1992 Employment at the contract research company Battelle Europe, Frankfurt am Main
1992 -1995 Postdoc with Dr. R. Balling and Dr. J. Graw at GSF-Institute for Mammalian Genetics, München-Neuherberg
since 1995 Research group leader at the Developmental Biology & Molecular Pathology Unit (Prof. Dr. H. Jockusch), University of Bielefeld
since 1998 Member of the "Special Collaborative Proramme" SFB 549 "Macromolecular Processing and Signalling in the Extracellular Matrix"
since 1999 Founder and Partner of PRAENADIA company (Research & Development in Cell Separation & Diagnostics), Münster
since 2000 Co-Project leader DFG Graduate Program of "Bioinformatics", University of Bielefeld
2001 "Habilitation" for "Genetics" at Faculty of Biology, University of Bielefeld
since 2001 Lecturer in Genetics at the Developmental Biology & Molecular Pathology Unit, University of Bielefeld
since 2002 Project leader International Graduate School "Bioinformatics and Genome Research”, University of Bielefeld


Publications


Reviews & Book Chapters


Major Research Projects

No.: Project Coordinator Funding Co-workers
1 Positional Cloning and Transgene Analysis of the Spinal Muscular Atrophy wobbler of the Mouse T. Schmitt-John
H. Jockusch
DFG Sonja Fuchs 
Melanie Ronsiek 
2 Analysis of Disease Genes by Cre-Lox-Chromosome Manipulations in Mouse Embryonic Stem Cells T. Schmitt-John
C. Birchmeier (MDC)
H. Jockusch
VW-Foundation Cora Thiel
3 Role of  Neuregulin-Signals in Peripheral Synaptogenesis T. Schmitt-John DFG,
SFB 549
Jana Beikert
4 Service project  Functional Genomics I T. Schmitt-John
H. Jockusch
DFG,
SFB 549
Sandra Heising
5 Spezies-comprehensive Sequence Analysis for Gene-Structure-Prediction T. Schmitt-John
R. Giegerich
H. Jockusch
GK Bioinformatik Jomuna V. Choudhuri
6 Analysis of structural and othe Signals in UTRs with computer-based Methods T. Schmitt-John
R. Giegerich
GK Bioinformatik Thomas Töller
7 Functional Analysis of a Gene-rich Region on humanen Chromosome 8 by comparative Sequencing and targeted Mutagenesis of the Mouse T. Schmitt-John
M. Platzer (IMB)
DHGP,
DFG
Michael Ulbrich
8. Funktional Analysis of "Conserced Noncoding Sequences" (CNS) T. Schmitt-John Int. Graduate School 
Bioinformatik /Genomforschung
Carsten Drepper

Forschungsbericht University of Bielefeld 97/98


Recent PhD-Theses and Diploma-Theses

Robert Heinen
Diploma-Thesis 1.2002 – 1.2003:
Gezielte Insertion von LoxP-Elementen in das Maus-Chromosom 8 zur ortsspezifischen Deletionsmutagenese.

Timo Frensing
Diploma-Thesis  3.2002 – 1.2003:
Expression rekombinanter Neuregulin-1-Isoformen in tierischen Zellinien.

Anika Tauchen
Diploma-Thesis  9.2001 – 2.2003:
Etablierung von DNA-Sonden zum spezifischen Nachweis von Chromosomenanomalien mittels Fluoreszenz in situ Hybridisierung.

Anke Mußmann
Diploma-Thesis  1.2002 – 11.2002:
Untersuchung und Kartierung von Modifier-Loci für den Spermiogenesedefekt der wobbler-Maus.

Anja Fritzenkötter
Diploma-Thesis  6.2001 – 7.2002:
Konstruktion eines Targeting-Vektors für Kiaa0903 einem Kandidatengen der neuologischen Mutation wobbler der Maus.

Cora Thiel
PhD-Thesis  5.1997 – 6.2002:
Strukturelle Gebnomanalyse und Konstruktion von Targetingvektoren zur Erzeugung von großen Deletionen in der wobbler Region auf dem proximalen Chromosom 11 der Maus

Volker C. Schmidt
PhD-Thesis  1.1998 – 6.2002:
Erzeugung von genetisch veränderten Mäusen zur transgenen Rettung der wobbler Mutation der Maus

Carsten Drepper
Diploma-Thesis  6.2001 – 3.2002:
BAC-Modifikation zur Erzeugung gezielter chromosomaler Deletionen im peripheren Nervensystem und vergleichende Sequenzanalyse am Neuregulin 1 Lokus

Sonja Fuchs
PhD-Thesis 3.1999 - 2.2002
Mutationsanalyse von Kandidatengenen für die neurologische Mutation wobbler der Maus

Ralf Palmisano
Diploma-Thesis  3.2000 – 1.2001:
Förster-Resonanz-Energie-Transfer zum spezifischen Nachweis von Nucleinsäuren in lebenden Zellen

Kathrin Kastning
Diploma-Thesis  3.2000 – 10.2000:
Expression des Neuregulin-1-Gens und der ErbB-Rezeptoren in etablierten Zellinien und im Mausmodell für neurodegenerative Erkrankungen.

Karin Resch
PhD-Thesis 10.1997 – 10.2000:
Interspezies-Genom-Vergleich im Bereich des humanen Chr 2p13: Neue Kandidatengene für die neurologische Mutation wobbler der Maus .

Michael Ulbrich
Diploma-Thesis  2.1999 - 2.2000:
Kartierung von Rekombinations-Bruchpunkten in der wobbler-kritischen Region auf dem proximalen Chr 11 der Maus.

Henning Gohlke
Diploma-Theisis (external in cooperation with J. Graw, GSF) 10.1998 – 10.1999:
Charakterisierung der Genregion um Cat3 auf dem Chromosom 10 der Maus.

Dirk Korthaus
PhD-Thesis 10.1996 – 5.1999:
Transkriptkarten des humanen Chromosoms 2p13 und des proximalen Chromosoms 11 der Maus im Bereich der wobbler Mutation.

Jana Beikert
Diploma-Thesis 04.1998 – 5.1999:
Konstruktion eines Vektors zur Expression eines Cre-Rekombinase/GFP Fusionsproteins unter der Kontrolle des SMDF-Promoters.

Lan-Anh Pham
Diploma-Thesis 01.1998 – 4.1999:
Entwicklung von Fluoreszenz In Situ Hybridisierungsverfahrens zur Detektion des Down Syndroms im Interphasekern.

Daniela Ehling
Diploma-Thesis  02.1998 – 3.1999:
Ergänzung des BAC-Contigs und Konstruktion eines Targeting-Vektors für die “wobbler-kritische“ Region.

Sonja Fuchs
Diploma-Thesis 02.1998 – 01.1999:
Eine Kombination von differentieller reverser Transkription mit physikalischer Kartierung zur Analyse der neuromuskulären Mutation wobbler der Maus.

Falko Heinemann
Diploma-Thesis 10.1997 - 10.1998:
Kartierung des Neuregulin-Gens der Maus und Klonierung des ersten Exons der Spleißvariante SMDF (Sensory and Motor Neuron derived Factor.

Volker C. Schmidt
Diploma-Thesis 01.1997 - 12.1997:
Ausschluß des Gens Cct4, das die delta-Untereinheit des cytosolischen TCP-1 enthaltenden Chaperonin-Komplex (CCT) kodiert, für die Mutation wobbler der Maus und weitere Eingrenzung des Kandidatenbereichs auf dem proximalen Chromosom 11.

Karin Resch
Diploma Thesis 10.1996 - 9.1997:
Physikalische Kartierung von Genen und anonymen Markern auf dem proximalen Chromosom 11 der Maus und dem humanen Chromosomenabschnitt 2p13: Ein Beitrag zur Positionsklonierung des wobbler-Gens.

Andreas Lengeling
PhD-Thesis 03.1997:
Klonierung und Charakterisierung neuer Kandidatengene für die pleiotrope Mutation wobbler der Maus.

Röntgen, Viktoria
Diploma-Thesis TU-Munich, 10.1995 -12.1996:
Suche nach transkribierten DNA-Sequenzen in der Steel/Cat3-Region auf Maus-Chromosom 10.
 


PhD-Theses in progress:

Daniela Ehling
Untersuchung von chromosomalen Veränderungen mit Fluoreszenzmethoden
(since 4.1999)

Jana Beikert
Funktionelle Untersuchung von Neuregulin-Isoforemen im peripheren Nervensystem
(since 5.1999)

Petra Dißmann
Isolation und Analyse seltener Zelen aus peripherem Blut
(since 8.1999)

Michael Ulbrich
Funktionelle Genomanalyse durch Mutagenese der Maus
(since 2.2000)

Jomuna Choudhuri
Vergleichende Sequenzanalyse der homologen Genbereiche Chr 2p 13 (Mensch) und Chr 11 (Maus): Transkribierte Sequenzen
(since 6.2000)

Thomas Töller
Untersuchung struktureller und anderer Signale in UTRs mit computergestützten Methoden
(since 12.2000)

Ralf Palmisano
Förster-Resonanz-Energie-Transfer zum spezifischen Separation von Zellen
(since 2.2001)

Carsten Drepper
Computer-assisted and Functional Analysis of "Conserved Noncoding Sequences" (CNS)
(since 4.2002)

Anke Mußmann
Untersuchung der wobbler Region und Analyse von modifizierenden Einflüssen auf den wobbler Phänotyp
(since 12.2002)

Timo Frensing
Biochemische Untersuchungen zur Funktion und Prozessierung von Neuregulin-1-Isoformen
(since 4.2003)


Coworkers/Team
 

Cora Thiel, PhD (Postdoc, Genetics, ES-Cell Technology); Jutta Wirth, PhD (Postdoc, Cytogenetics), Michael Ulbrich (PhD-Student, Genetics, Molecular Pathology); Daniela Ehling (PhD-Student, Molecular Cytogenetics); Jana Beikert (PhD-Student, Molecular Genetics); Jomuna Choudhuri (PhD-Student, Bioinformatics); Thomas Töller (PhD-Student, Bioinformatics); Carsten Drepper (PhD-Student, Molecular Genetics); Ralf Palmisano (PhD-Student, Molecular Genetics and Zytology); Anke Mußmann (PhD-Student, Genetics, Molecular Pathology); Timo Frensing (PhDStudent, Biochemistry); Robert Heinen (Student);  Melanie Ronsiek (Technician, Molecular Biology); Sandra Heising (Technician, Transgenics, ES-Cell Technology); Sabine Steinmeier (Animalcaretaker); Christiane Grebe (Animalcaretaker) .

Teaching: Lectures and Seminars


Lectures:

Practical Courses:


Special Lectures:


Interdisciplinary Seminars:

Faculty of Biology, University of Bielefeld, Vorlesungsverzeichnis
 

update: may 2003