Chair of Molecular Cell Physiology
 
 
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Master and Bachelor projects

Information über Themen für Bachelor- oder Masterarbeiten bei Prof. Dorothee Staiger

 

Masterarbeiten

Analyse regulatorischer Elemente der miRNA-Biogenese

Aktuell bieten wir eine Masterarbeit zur Analyse von regulatorischen Elementen der miRNA Biogenese an.

Ziel des Projekts ist die Identfizierung cis-regulatorischer Elemente der RNA, an die RBPs binden und die Bildung von miRNAs regulieren. Zu diesem Zweck sollen moderne und innovative Techniken wie z.B. Next generation sequencing, RNA-Immunpräzipitation, RNA-Bindungsassays, RNA footprints und CRISPR-basierte Technologien eingesetzt werden.

Weitere Information: PDF

 

Bachelorprojekte

Bioinformatische Analyse RNA-bindender Proteine bei Arabidopsis

Gen‐Regulation ist ein komplexer Prozess, der, neben den Klassikern Transkription und Translation, auch auf post‐transkriptioneller Ebene stattfindet, z. B. durch alternatives Spleißen oder microRNAs.

Die Arbeitsgruppe Molekulare Zellphysiologie beschäftigt sich mit RNA‐bindenden Proteinen und ihren regulatorischen Eigenschaften. Arabidopsis codiert für ca. 300 Proteine, die (potentiell) RNA-bindende Eigenschaften aufweisen.

Diese und weitere Fragen möchten wir mit Ihrer Hilfe beantworten.

Sie sind engagierte(r) StudentIn des Studiengangs Bioinformatik und Genomforschung, die/der eigenständig Analysen durchführen und mit großen Datenmengen umgehen kann? Sie haben keine Probleme damit, sich in Planung und Durchführung dieser Analysen zu engagieren? Das Projekt ist geeignet als Projektmodul, Forschungsmodul oder Bachelorarbeit.

Melden Sie sich einfach per Mail, oder kommen Sie direkt vorbei!

Kontakt:
Dr. Selahattin Danisman
Lehrstuhl für Molekulare Zellphysiologie, W6‐117
email: selahattin.danisman@uni‐bielefeld.de

 

Bioinformatische Analyse von cis-regulatorischen Modulen

Pflanzen besitzen innere Uhren, um physiologische Prozesse mit der Außenwelt in Einklang zu bringen. Bis zu 90% aller Gene in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana unterliegen einem circadianen Rhythmus1. In den Promotoren dieser Gene wurden verschiedene Motive gefunden, die mit circadianer Expression assoziiert werden1,2,3. Diese Motive alleine sind jedoch nicht in der Lage, circadiane Expression eines Gens vorherzusagen, was auf weitere cis-regulatorische Domänen schließen lässt, die wichtig für die circadiane Expression sind.

Das Ziel dieses Bachelorprojekts ist, cis-regulatorische Domänen von circadian exprimierten Genen zu identifizieren und miteinander zu assoziieren, um cis-regulatorische Module zu definieren. Hierbei soll der Kandidat /die Kandidatin mit großen Datenmengen (Microarray-Daten) umgehen, und eigenständig weiterführende bioinformatische Analysen durchführen. Der Kandidat/die Kandidatin wird in der Arbeitsgruppe Molekulare Zellphysiologie (Prof.‘in Dr. Staiger) der Fakultät für Biologie (Universität Bielefeld) arbeiten. Die Arbeitsgruppe ist bekannt für ihre Arbeiten an circadian exprimierten RNA-bindenden Proteinen und ihrer Rolle in der Regulation physiologischer Prozesse in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana4.

Interessiert? Melden Sie sich einfach per Mail, oder kommen Sie direkt vorbei!

Kontakt:
Dr. Selahattin Danisman
Lehrstuhl für Molekulare Zellphysiologie, W6‐117
email: selahattin.danisman@uni‐bielefeld.de

Literatur

  1. Michael et al., PLoS Genetics 4(2), e14 (2008)
  2. Harmer et al., Science 290, 2110-2113 (2000)
  3. Harmer & Kay, The Plant Cell 17, 1926–1940 (2005)
  4. Staiger & Green, Trends in Plant Science 16(10), 517-523 (2011)