[University Home]   Fakultät für Chemie


Dr. Sergej Kakorin   

Dr. Sergej Kakorin

Bielefeld University, Department of Chemistry
Biophysical Chemistry (PC III)
P.O. box: 10 01 31, D - 33501 Bielefeld

E-mail: sergej.kakorin@uni-bielefeld.de
phone: +49-(0) 521-106-2064


Mathcad code for Michaelis-Menten-Lambert analysis of single curves of enzyme kinetics

Publications

Teaching activity

Research interests:
Lambert W function
Electroporative transport


Schwingungsspektren von Molekülen können entweder mit der quantenmechanischen (QM) oder mit der klassischen molekularmechanischen (MM) Normalmodenanalyse berechnet werden. Wir verwenden das QM-Programmpaket von Gaussian 03 an, um die für unsere Zwecke erforderliche Präzission zu erreichen. Da die Rechenzeit mit der vierten Potenz der Anzahl der Atome ansteigt, beschränkt sich die Anwendung der QM-Normalmodenanalyse auf kleine Moleküle. Für die Analyse eines ganzen Proteins kooperieren wir mit Arbeitsgruppen, die QM/MM-Methoden entwickeln und anwenden. Bei dieser Hybrid-Methode wird das Molekül von Interesse quantenmechanisch berechnet, während der Rest des Proteins molekularmechanisch berechnet wird. Durch den Vergleich mit den experimentell gemessenen IR- und Raman-Spektren werden die Schwingungsbanden den Normalmoden des Moleküls zugeordnet (siehe z.B. eine der Normalmoden des Lumiflavins auf der rechten Seite). Da die Frequenzen der Normalmoden sehr empfindlich für geometrische Parameter wie Bindungslänge, Winkel, usw. sind, wird damit eine sehr genaue Strukturermittlung erreicht, die zur Verfeinerung von kristallograhischen Modellen herangezogen werden kann.

Zurück zur Members of PC III