ZiF-Arbeitsgemeinschaft
Plakat

Computergestützte Pangenomik


Termin: 30. September - 2. Oktober 2019
Leitung: Jens Stoye (Bielefeld, GER), Alexander Schönhuth (Amsterdam, NED)

Das Pangenom einer Spezies ist als das komplette genomische Repertoire seiner Individuen definiert, was insbesondere natürlich auftretende Polymorphismen und strukturelle Variationen umfasst. Jüngste technologische Entwicklungen ermöglichen eine gute Abschätzung eines Pangenoms durch massive Sequenzierung. Einerseits erlaubt dies tiefere Einsichten in die innere Struktur der Gemeinschaft an Individuen einer Spezies, ihre Gemeinsamkeiten und Unterschiede. Dies ist sehr relevant, da sich innerhalb solcher Gemeinschaften häufig signifikante Diversitäten zwischen (Teilgruppen von) Individuen finden, ebenso wie dynamische Entwicklungen zwischen verschiedenen Zeitpunkten oder unter unterschiedlichen äußeren Bedingungen. Andererseits ist ein Pangenom bei der Analyse eines einzelnen Genoms eine deutlich robustere und informativere Referenz als das traditionelle einfache Referenzgenom.

In dieser Tagung werden Experten aus der Computerbiologie und Bioinformatik effiziente Repräsentationsformen für Pangenome diskutieren, ebenso wie Analysemethoden und praktische Anwendungen. Dies erfordert ein interdisziplinäres Zusammenspiel von mathematischen Aspekten (Graphentheorie, Statistik), Informatik (Datenstrukturen, Algorithmen) und biologischen/medizinischen Fragestellungen.

Tagungsprogramm
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Organisatorische Fragen beantwortet Marina Hoffmann im Tagungsbüro. Bei inhaltlichen Fragen wenden Sie sich bitte direkt an die Veranstaltungsleitung.


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