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Kooperationsgruppen sind interdisziplinäre Forschungsprojekte mit einer Größe von zwei bis sechs Fellows. Sie bieten die Möglichkeit, auswärtige Gastwissenschaftlerinnen und Gastwissenschaftler zu einem kürzeren bis mittellangen Forschungsaufenthalt ans ZiF zu holen. Kooperationsgruppen können auch der Vorbereitung eines weiterführenden größeren Drittmittelprojektes dienen. Die Dauer der Kooperationsgruppen variiert zwischen einigen Wochen und sechs Monaten. Sie stellen neben den Forschungsgruppen das Kernformat der ZiF-Aktivitäten dar.
