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Allgemeine Psychologie II

 

Neuroimaging-Sprechstunde

 

Inhalte

Die Neuroimaging-Sprechstunde richtet sich an Studierende, Promovierende und Post-Docs die Fragen zur Planung, Erhebung und Auswertung von Bildgebungsstudien haben. Der Schwerpunkt der Beratung liegt im Bereich MRT, kann bei Bedarf aber auch andere Fragestellungen der Neurowissenschaften ausgeweitet werden.

Die Beratung zum Thema MRT umfasst sowohl strukturelles als auch funktionelles MRT. Bei strukturellen Daten kann es sich um Volumetrie als auch um Analyse von Fasertrakten (DTI) handeln. Die Beratung bezüglich funktioneller Studien umfasst sowohl aufgabenbezogene Fragestellungen (task fMRI) als auch netzwerkbezogene Fragestellungen (resting-state fMRI).

Bei der Beratung für die Arbeit mit strukturellen Daten liegt der Schwerpunkt auf volumetrischen Analysen (SPM12, CAT12), Analysen der Kortexoberfläche (FreeSurfer) und Trakt-Basierter Statistik (TBSS, Tracula).

Bei der Beratung für die Analyse funktioneller Daten liegt der Schwerpunkt auf Analysen mit Matlab/SPM12, mit Freesurfer oder mit Python/NiLearn. Es wird Hilfestellung bei der Visualisierung von Bildgebungsdaten gegeben (Mircron, MricroGL, FreeView, Papaya) und bei der anatomischen und funktionellen Interpretation (Arbeit mit Hirnatlanten wie dem Harvard-Oxford Atlas und Online-Metaanalysen wie NeuroSynth.org).

Des Weiteren wird Hilfestellung bei der Planung und Erstellung von Experimenten angeboten. Dies umfasst Hilfe bei der Erstellung und Vorbereitung von Stimuli, der Entscheidung für ein Studiendesign und der Programmierung und Synchronisierung der Experimente.

Beratung zu den Themen maschinellem Lernen und Mustererkennungsmethoden (Scikit-Learn), Datenvisualisierung (Matplotlib, Seaborn) und effizienter Nutzung von Online-Datenbanken (NeuroVault.org, OpenNeuro.org) runden das Angebot ab.

 

Sprechzeiten

nach Vereinbarung

 

Kontakt

martin.wegrzyn@uni-bielefeld.de

 

Liste der schwerpunktmäßig unterstützten Software und Ressourcen:

MRT Analyse:

SPM12: https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/

CAT12: http://www.neuro.uni-jena.de/cat/

FreeSurfer: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/

TBSS: https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/TBSS/UserGuide

Tracula: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Tracula

NiLearn: http://nilearn.github.io/

 

Maschinelles Lernen:

Scikit-Learn: http://scikit-learn.org/stable/

 

MRT-Datenvisualisierung:

Mricron: https://www.nitrc.org/projects/mricron

MricroGL: https://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricrogl/home

Papaya: http://ric.uthscsa.edu/mango/papaya.html

FreeView: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeviewGuide/

 

Datenvisualisierung allgemein:

Pandas : http://pandas.pydata.org/

Matplotlib: https://matplotlib.org/

Seaborn: http://seaborn.pydata.org/index.html

 

Erstellen von Experimenten:

PsychoPy: http://www.psychopy.org/

 

Online-Datenbanken:

NeuroSynth: http://www.neurosynth.org/

NeuroVault: https://neurovault.org/

OpenNeuro: https://openneuro.org/

Hirnatlanten: https://scalablebrainatlas.incf.org/