Mikrobielle Analysen und Services

Wir bieten Bioinformatik-Support, Compute-Ressourcen und Software-Tools für die mikrobielle Genomforschung. Im Rahmen von de.NBI bündeln wir unsere Bioinformatik-Expertise und technischen Einrichtungen an der Universität Bielefeld mit denen der Justus-Liebig-Universität in Gießen und bilden so das BiGi Bioinformatics Resource Center. Im Jahr 2016 wurde durch die Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg als neuer Partner unser Analyse-Portfolio über die mikrobiellen Genome hinaus um Metaproteome ergänzt.

BiBi Microbial Bioinformatics betreibt, wartet und unterstützt eine breite Palette von Softwaretools und Anwendungen für die mikrobielle Analytik, insbesondere für die Analyse von Metagenomik und Postgenomik-Daten, zur Datenintegration und zur Datenvisualisierung. Dabei liegt der Schwerpunkt auf der First-Level-Support und der Bereitstellung von Hochleistungs-Rechendiensten für unterschiedliche Benutzerprofile.

Unser Angebot an Lösungen für die mikrobielle Bioinformatik reicht von vordefinierten Analyse-Workflows für typische Datenanalysen bis zu umfangreichen Software-Applikationen. Beispiele sind EMGB für die assemblierungsbasierte Metagenomik und Fusion für die Integration und kombinierte Analyse von postgenomischen Daten.

EMGB
Der Elastic MetaGenome Browser (EMGB) ist eine Cloud-basierte  Metagenom-Analyse-Pipeline, für die Assemblierung qualitätsgeprüfter Sequenzen, dem  Binning von Contigs sowie die taxonomische und funktionale Annotation von nachfolgender Genvorhersagen. EMGB verfügt insbesondere über eine Weboberfläche, um die resultierenden metagenomischen Daten schnell und effizient zu durchsuchen. Bis jetzt wurden mithilfe von EMGB Tausende von Metagenom-Datensätzen in der de.NBI Cloud analysiert und über die Weboberfläche zur Verfügung gestellt.

Fusion
Omics Fusion ist eine Webanwendung für die integrative Analyse von Omics-Daten, die eine umfassende Sammlung sowohl etablierter als auch neuer Tools und Visualisierungsmethoden anbietet, um Wissenschaftler bei der Erforschung mehrstufiger Omics-Daten zu unterstützen. Die Software konzentriert sich auf datenreicher Hochdurchsatz-Experimente aus dem Bereich der Transkriptomik, Proteomik und/oder der Metabolomik und bietet komfortable Funktionen für a) Manipulation von Omic-Daten, b) Analyse von Omic-Daten einschließlich Varianz-, Regressions- und Clusteranalyse und c) umfangreiche Datenvisualisierung. Dazu gehören beispielsweise Verfahren zur Visualisierung kombinierter Omics-Daten auf Stoffwechselweg-Karten.

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Kontakt: Prof. Dr. Alexander Schönhuth