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Agarose-Gel
Agarose ist ein Polysaccharid, welches aus Rotalgen gewonnen wird. Kocht man sie in Wasser auf, so bleibt sie in heißem Zustand flüssig, bei Zimmertemperatur wird sie jedoch fest wie Wackelpudding. Heiße Agarose wird in die dafür vorgesehene Vertiefung einer Elektrophoresekammer gegossen und geliert. Es entsteht auf molekularer Ebene ein engmaschiges Netz aus quervernetzten Agarose-Molekülen. Wenn sich die DNA durch das Gel bewegt, wirkt dieses wie ein "Sieb", sodass sich kleinere DNA-Fragmente schneller durch das Gel bewegen können als größere.
Die Agarose Konzentration liegt meistens zwischen 0,5 und 3%. Bei einer hohen Konzentration gibt es mehr Quervernetzungen, sodass das "Sieb" sehr engmaschig ist und die DNA sich generell langsamer hindurch bewegen kann als bei einem 0,5%igen Gel.
DNA-Längenstandard
Der ebenfalls aufgetragene Längenstandard ist ein einheitlich verwendeter Maßstab bei Gelelektrophoresen und fungiert als "Lineal" für unser Bandenmuster. Er enthält viele verschiedene DNA-Fragmente bekannter Länge, also bekannter Anzahl von Basenpaaren. In dem Bandenmuster bei der Auswertung des Gels unter UV Licht erscheint der Längenstandard deshalb als eine Leiter, wobei jeder einzelnen Bande eine genaue Größe in der Einheit bp (Basenpaaren) zugeordnet werden kann.
DNA-Längenstandards werden von verschiedenen Firmen als spezieller Laborbedarf angeboten.
Anfärbung
Die farblose DNA im Gel wurde klassischerweise unter Sicherheitsvorkehrungen mit dem als krebserregend eingestuften Ethidiumbromid angefärbt. Inzwischen sind aber diverse als nicht gesundheitsschädlich eingestufte Ersatzstoffe wie beispielsweise GelredTM oder SYBR®Green erhältlich. Nach einer Einwirkungszeit von ca. 30 Minuten wird das Gel in einem Transilluminator mit UV Licht bestrahlt. Der in die DNA eingelagerte Farbstoff wird zur Fluoreszenz angeregt und die DNA somit sichtbar. Die Moleküle auf gleicher Höhe erleuchten und ergeben ein DNA-Bandenmuster, das fotografiert werden kann. Diese Geldokumentation geschieht im Transilluminator.